评估指标体系分为两类四种方案，第一类设一级指标4个、二级指标12个、审核重点38个；第二类设一级指标7个、二级指标27个、审核重点78个。具体特点如下：
一是分层分类设计指标体系。第一类评估少而精，适用于具有世界一流办学目标、一流师资队伍和育人平台，培养一流拔尖创新人才，服务国家重大战略需求的高校。第二类评估量大面广，细分为3种，分别适用于以学术型人才培养为主的高校、以应用型人才培养为主的高校、首次参加审核评估的高校。
二是突出本科教育教学关键点。设置思想政治教育、教授为本科生上课、生师比、生均课程门数、优势特色专业、学位论文（毕业设计）指导、学生管理与服务、学生参加社会实践、毕业生发展、用人单位满意度等审核重点，推动高校深化教育教学改革。
三是定性指标与定量指标结合。指标体系注重兜底线促发展，既体现国家意志，又给学校留足发展空间。模块化设计定性指标，首次设置统一必选项、类型必选项、特色可选项、首评限选项，由高校根据要求和办学实际自主选择。增加定量指标，设置必选项和可选项，必选项对标国家底线要求，可选项引导高校办出特色和水平。
四是监督高校办学“红线”问题。增设教师、学生出现思想政治、道德品质等负面问题能否及时发现和妥当处置情况，教材选用工作出现负面问题的处理情况等“负面清单”，加强对思政教育成效的审核评估。
